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营改增试点自5月1日全面推开以来，由于公募基金业的特殊性和复杂性，在营改增实际操作中出现了一些难题，基金业人士呼吁营改增在公募基金行业实现减税负目标，在征收环节尽量简便。
难题一：
基金交易费发票谁来开？
作为基金交易最基本的申赎费用，如何对广大投资者开票令基金公司非常头疼。
普华永道中国税务合伙人傅瑾表示，从机构投资者角度来说，投资收益不能直接扣掉申赎等交易费用缴纳增值税，增值税纯粹是卖出价减去买入价，交易费用的进项税需要取得专用发票才能进行抵扣。如果是直销，基金公司可以直接开票给投资者。但如果是代销，在交易费分成方面就会出现问题。申购费一般是全部给代销机构，而赎回费是代销机构与基金公司分成，通常赎回费的25%是计入产品资产的，而这25%是开不出专票的，因为产品本身不是纳税主体。
北京一位基金公司运营总监也表示，目前产品部分销售分成收入是先上收公司再支付给各销售机构，即产品上划公司的部分收入并非公司实际所得，只是代收性质，存在重复纳税的风险。
“这个矛盾还没有解决，税务管理没有强制的要求，市场上也缺乏统一观点，面向投资者开票，取决于代销机构与基金公司的市场地位。”傅瑾说。
难题二：
管理费该不该开发票？
对于基金管理费，投资者能否要求基金公司开具增值税发票？
傅瑾分析，管理费是产品内部净值的费用，相当于产品支付的费用。因此基金公司不应该开发票给投资者，就算开票也应该开给产品本身。北京某基金公司财务人员就表示，曾经有投资者向基金公司要管理费增值税发票，但基金公司只能开发票给产品，不能给投资者。
上述运营总监称，营改增方案在公募业落地有个很大的困难，就是产品不是纳税主体，但涉税业务却主要发生在产品端。由于产品投向众多且复杂，在产品端缴税不实际，非常难操作，最好是能在上游代扣代缴。
傅瑾认为，基金投资得到的收益已经减去了管理费，不需要拿到发票再去扣管理费，否则会造成重复抵扣。
难题三：
如何为专户产品开发票？
公募产品不用面向不特定投资者开具管理费发票，但专户产品该如何处理呢？南方某公募人士向记者表示，有保险公司要求基金公司开增值税专用发票。“协议是基金管理人和专户产品的协议，合同是针对产品签约的，和专户产品背后的投资人没关系，如果开了发票，就会导致资金流、合同和发票无法保持一致。”
傅瑾分析，专户产品是特定投资者委托管理的资金，应该按照上述公募产品的思路处理，但保险公司比较特殊，险资委外投资的会计核算是穿透处理的，需要透明体现产品的税费和收益，了解产品净值内部每一笔资金的流向。
傅瑾建议，如果是险资委外投资的一对一专户产品，可以增加补充协议，向保险公司开管理费专用发票，在增值税发票上写上该专户产品名称。
此外，仍有一些政策尚未明朗。比如，针对基金分红，目前没有明文规定是否缴纳增值税，大多数机构都是持观望状态；营改增方案规定，对基金管理人运用基金买卖股票、债券的差价收入继续免征增值税，投资其他标的物是否需要纳税，目前尚未明确。
难题四：可抵扣项少，如何转嫁税负？
营改增的目的是降低税负，但公募基金进项很难抵补税率上升的销项，要实现降低整体税负的目标存在较大困难。
上述运营总监表示，营改增对公募的影响，主要是税负增加，需要增加投入人力物力，系统需要改造，发票管理上也存在操作困难。
傅瑾分析，基金税率从原来营业税的5%变成增值税的5.66%，税率有所上升；基金公司的进项有限，人员的工资、福利没有进项来抵扣，可以抵扣的主要是系统、房租、技术服务、外包服务等，不足以抵补税率上升所产生的销项；相比其他金融机构，能构建不动产的基金公司非常少，并不会享受到此次营改增开始允许不动产的进项抵扣带来的好处。
“目前产品设计使税负很难转嫁，费率等设计一旦改变可能失去客户，加之基金公司的可抵扣项很少，所以很难实现税负整体降低的目标。”上述运营总监称。
